W Rzymie był trzy razy – jako młody człowiek szukający pomocy i jako dojrzały mężczyzna oczekujący wybaczenia. Ten ostatni, prawie siedmioletni pobyt spędził w więzieniu. Jednak temu miastu – religijnemu centrum katolicyzmu poświęcił wiele swych myśli i traktatów. Wiemy, że był pragmatykiem, niejednokrotnie w trakcie swych licznych podróży po Europie odwoływał dla własnego dobra i bezpieczeństwa swe wichrzycielskie poglądy. Był też człowiekiem bezkompromisowym i niepozbawionym miłości własnej, posiadającym wyostrzony zmysł krytyczny i żarliwe pragnienie poznania świata, filozofii i religii w ich szerokim spektrum. Dla dziecka niewywodzącego się z ówczesnych elit, lecz jedynie z rodziny żołnierza (służącego w hiszpańskim wojsku), jakim był ojciec Bruna, najlepszym sposobem na osiągnięcie podobnych celów była kariera kościelna. W 1565 roku siedemnastoletni Filippo wstąpił do zakonu dominikanów w Neapolu, gdzie przyjął imię Giordano. Kilka lat później popadł w konflikt z przełożonymi z powodu krytyki podstawowych dogmatów wiary. Młody zakonnik zdjął ze ścian swej celi wszystkie wizerunki świętych, pozostawiając jedynie krzyż, odrzucił czytanie żywotów świętych, wyśmiewał kult relikwii, podważał niepokalane poczęcie i kult Marii. Mimo to został doktorem nauk filozoficznych, a oprócz podstawowej lektury, jaką w tamtych czasach były dla duchownych pisma Arystotelesa, czytał też Erazma z Rotterdamu i inne księgi, krytykujące greckiego filozofa. Giordano poszedł tą drogą, nie w pełni rozumiejąc, że dywagacje tego typu grożą mu śmiertelnym niebezpieczeństwem. Najprawdopodobniej w 1572 roku odbył swą pierwszą podróż do Wiecznego Miasta i być może to wtedy, na dworze kardynała Scipione Rebbiego, zwrócił uwagę na mnemotechnikę. Gdy w 1575 roku wziął udział w dyspucie dotyczącej arianizmu, ujawnił swe wątpliwości na temat Trójcy Świętej – podstawowego dogmatu katolickiego Kościoła, zbliżając się poniekąd do nurtów chrześcijańskich uznawanych od stuleci za heretyckie. Wtedy młodzieńczą krnąbrność, o jaką był podejrzewany wcześniej, zaczęto traktować poważnie, a neapolitańskie organy inkwizycji zaczęły baczniej analizować jego odszczepieńcze zachowanie. Nie czekając długo, Giordano opuścił macierzysty zakon i udał się do Państwa Kościelnego, licząc na wsparcie w Rzymie. Zamieszkał w klasztorze dominikanów przy bazylice Santa Maria sopra Minerva, ale szybko zorientował się, że również rzymscy bracia nie rozumieją jego wynurzeń i uznają je za niedopuszczalne. W 1576 roku zrzucił habit, co zapewne było dla niego tożsame z odrzuceniem zobowiązania lojalności wobec Kościoła, i wierząc, że może głosić wszystko, co odkrywa jego niespokojny i twórczy umysł, wyruszył w podróż, licząc na uznanie dla swoich coraz bardziej krystalizujących się poglądów. W Tuluzie, dokąd przybył w 1580 roku, przez dwa lata głosił wykłady z filozofii i astronomii, po czym znalazł się na dworze francuskiego króla Henryka III, zainteresowanego jego metodami mnemotechniki („magicznej pamięci”) – metody pozwalającej zwiększyć zakres i trwałość pamięci. Temu zagadnieniu poświęcił też jeden ze swych traktatów (De umbris idearum). Pobyt na francuskim dworze zaowocował ponadto napisaniem przez niego komedii Candelaio oraz opery Cantus Circaeus, w których krytykował zepsucie współczesnego świata i Kościoła. Gdy we Francji narastały niepokoje religijne, wyjechał w 1583 roku do anglikańskiej Anglii, gdzie znalazł możliwość dalszej pracy, tym razem nad dziełem zainspirowanym traktatem Kopernika i jego heliocentryczną wizją wszechświata (De l’infinito, universo e mondi). Zgadzał się w nim z Kopernikiem, twierdzącym, że Ziemia obraca się wokół Słońca, ale idąc dalej, przewidywał, że i ono nie stanowi centrum Wszechświata, gdyż – jak twierdził – jest on nieskończony, nie ma środka, początku ani końca. Jest bezgraniczny w wymiarze czasowym i przestrzennym, a harmonię gwarantuje mu istnienie Boga, którego jest odbiciem. Wychodząc z założenia, że Bóg jest nieskończony w swej doskonałości, świat będący jego odbiciem postrzegał jako równie doskonały, co doprowadziło go do utożsamienia Boga z przyrodą (panteizmu). Bruno nie omieszkał też krytykować Biblii jako źródła prawdy o świecie naturalnym, kwestionując Genesis, Sąd Ostateczny, Apokalipsę, wypędzenie z raju i wszystkie te rzeczy, które od stuleci stanowiły podwaliny nauk Kościoła. Mało tego, twierdził, że skoro nie ma Boga upersonifikowanego, nie ma też jego syna Chrystusa, ani Marii – Matki Boskiej.

Wykłady w Oksfordzie dały mu pewność siebie, ale i przysporzyły wrogów wśród tamtejszych elit uniwersyteckich, czego konsekwencją był powrót w 1585 roku na kontynent, gdzie przez kolejne sześć lat przemierzał miasta Rzeszy i Francji, wszędzie zyskując sobie jednak więcej wrogów niż sprzymierzeńców. W tym czasie zaczęła się też jego fascynacja magią, kabałą i astrologią.

Wiele koncepcji Giordana Bruna wyprzedzało przyjmowany ówcześnie punkt widzenia, zarówno w wymiarze światopoglądowym, jak i w naukowej interpretacji rzeczywistości. Był zdeklarowanym przeciwnikiem ingerencji religii w świat nauki, jak i prawa powszechności jednej religii prowadzącej do „gwałcenia ojczystych bóstw różnych krajów”. Twierdził, że „kto chce w  prawidłowy sposób rozumować, powinien umieć się odzwyczaić od przyjmowania czegokolwiek na wiarę”. Sądy swoje opierał na spekulacjach i nieposkromionej niczym wyobraźni, jak też na lekturze dzieł autorów antycznych, a także tych odrzuconych przez Kościół. Był przy tym radykalny i bezkompromisowy. Postulował wprawdzie tolerancję, otwartość na dyskusję i wymianę poglądów, gdyż tego wymaga – jak uważał – naukowe poznanie, ale swoich adwersarzy zrażał obcesowością, zajadłością i grubiaństwem, jak również prześmiewczym sposobem reagowania na krytykę własnych poglądów, które w ówczesnym świecie były więcej niż oburzające. Opowieści biblijne stawiał na równi z mitami greckimi, Jezusowi odmawiał nie tylko boskości, ale strącił go do pozycji magika – szarlatana posługującego się cudami, „człowieka godnego pogardy, podłego i niewykształconego”, proroków natomiast postrzegał jako epileptyków. Nic dziwnego, że i wśród protestantów jego wypowiedzi nie znajdywały posłuchu. Co innego stanowiła krytyka Kościoła katolickiego, w którą chętnie się wsłuchiwano, a co innego podważanie przekazu Biblii czy szerzenie poglądu, że każda religia służy jej przedstawicielom do zdobywania dominacji nad niewykształconymi masami. Jeszcze na początku swej europejskiej podróży, w Genewie (1578–1579), najpierw został uwięziony, a później wygnany i ekskomunikowany przez kalwinów. Podobnie stało się dziesięć lat później w Helmstedt, gdzie również luteranie odcięli się od jego teorii. Nie przystawały one bowiem w żaden sposób do epoki, w której żył. Burzyły porządek świata i były nie do zaakceptowania nie tylko przez przedstawicieli różnych odłamów chrześcijaństwa, ale też ówczesne elity intelektualne, muszące liczyć się z autorytetem instytucji religijnych. Były tak rewolucyjne, że żaden zdrowo myślący człowiek, nawet jeśli w zaciszu domowym myślał podobnie jak Bruno, nie afiszował się tym, nie mówiąc już o otwartym poparciu poglądów filozofa.

Być może zmęczony ciągłym odrzuceniem i dlatego niebaczny na niebezpieczeństwo, albo zbyt pewny siebie, w 1591 roku Giordano Bruno przyjął propozycję, która miała definitywnie zmienić jego życie. Zawsze marzyła mu się kariera naukowa, liczył, że otrzyma katedrę matematyki na uniwersytecie w Padwie. Gdy jednak jej nie uzyskał, przyjął zaproszenie zafascynowanego jego poglądami i pismami weneckiego patrycjusza Giovanniego Mocenigo, który pragnął, aby Bruno wprowadził go w arkana sztuki skutecznego zapamiętywania. Pół roku później gospodarz związał swego gościa i zadenuncjował go przed weneckim Świętym Oficjum, oskarżając o herezję. Po półrocznym pobycie w weneckim więzieniu zdecydowano o przeniesieniu osadzonego do Rzymu i oddaniu go pod kuratelę rzymskiej inkwizycji. Należy przyznać, że jej działania, którym przewodził Robert Bellarmin, ten sam, który kilkanaście lat później pochylić się miał nad sprawą Galileusza, naznaczone były dociekliwością i niepozbawione dozy dobrej woli. Prowadzono drobiazgowe śledztwo, przesłuchiwano świadków, zbierano dokumenty, wczytywano się w pisma Bruna rozrzucone po Europie, analizowano większe i mniejsze przewinienia zakonnika, wciąż dając mu szansę na wyrzeczenie się swych poglądów. Dla niego samego oznaczały one w sumie osiem lat więzienia, spędzone w bezczynności i nadziei, że dane mu będzie stanąć przed papieżem Klemensem VIII, wyłuszczyć mu swoje myśli i przekonać o swojej niewinności. W trakcie przesłuchań próbował też przedstawić własne przekonania, uważane przez inkwizycję za heretyckie, jako koncepcje czysto filozoficzne, co jednak nie przekonało Bellarmina, który zażądał przyznania się do błędów i ich odwołania. Początkowo Bruno nawet się do tego skłaniał i był gotów z niektórych ze swych tez zrezygnować, ale wyprzeć się wszystkiego nie był w stanie – do końca obstawał przy istnieniu „wielości światów”, ludzkiej naturze Chrystusa i negacji Sądu Ostatecznego. Efektem takiej postawy było zredagowanie ośmiu tzw. cenzur, czyli dowodów winy krnąbrnego dominikanina. Wyrok był gotowy, ale Bruno wciąż miał możliwość wyrzeczenia się swych poglądów. W święta Bożego Narodzenia 1599 roku otrzymał plik kartek, kałamarz i pióro, jednak nie zapełnił ich aktem skruchy. Wydawało się, że Nowy Rok przyniesie niechybną śmierć, ale wciąż czekano. Dopiero 8 lutego odczytano akt oskarżenia. Bruno został wyklęty, podobnie jak jego pisma, które jako heretyckie również zostały skazane na spalenie. Egzekucja jednak nie następowała. W kolejnych dniach odwiedzali go zakonnicy różnych kongregacji (dominikanie, jezuici, hieronimici), namawiając do zaniechania uporu i odwołania swych tez. Ale i na ich perswazje Bruno pozostawał głuchy. Wreszcie, ku przestrodze wszystkich heretyków, spalono go publicznie na placu Campo de’ Fiori, a popiół wrzucono do Tybru.

Ale to nie koniec peregrynacji Giordano Bruna po Rzymie. Kolejny jej etap miał nastąpić dopiero w połowie XIX wieku, w okresie risorgimenta, gdy na nowo odkryto pisma filozofa i wykorzystano ich antyklerykalny wydźwięk w otwartej walce z papieżem i Państwem Kościelnym. I to ten fakt, bardziej niż poglądy naukowe uczonego, zdecydował, że dla wielu pokoleń świeckich elit stał się on zarówno bohaterem, jak i męczennikiem wolnej myśli. Już w 1849 roku, w okresie Republiki Rzymskiej, wystawiono mu pomnik, który po jej upadku został zniszczony. Kolejny, będący prawdziwym policzkiem dla Kościoła, stworzony wysiłkiem laickich elit włoskich i europejskich, stanął na Campo de’ Fiori w 1889 roku (pomnik Giordana Bruna).

W czterechsetną rocznicę śmierci heretyka papież Jan Paweł II uznał akt spalenia Giordana Bruna za niesprawiedliwość, ale rehabilitacja zakonnika nie nastąpiła. Prośby o wybaczenie także dziś dochodzą do uszu kolejnego papieża, Franciszka, nawet z szeregów samych dominikanów (Frei Betto), ale nie wydaje się, aby w obliczu tak obrazoburczych teorii Kościół zdecydował się na ten krok. Ale być może to jeszcze nie koniec historii dominikanina z Noli.